《棋魂》的结局因版本不同而有所差异。

漫画版中，塔矢亮和进藤光在北斗杯的预选赛中相遇，塔矢亮击败了进藤光，但后来两人和解，共同参加北斗杯，塔矢亮夺冠。进藤光和佐为的关系在漫画中也有所发展，佐为在帮助进藤光提升棋艺后消失，进藤光一度消沉，但最终在朋友的鼓励下重新找回对围棋的热情。

真人版中，褚嬴（佐为的角色）在越来越虚化，从时光的世界中消失，最终回到了南梁。时光在寻找褚嬴的过程中，回忆起与褚嬴共度的时光，并最终接受褚嬴离开的事实。时光和俞亮在北斗杯夺冠，拉开了中国围棋的新浪潮的序幕。

总的来说，《棋魂》的结局虽然各有不同，但都传达了友情、成长和接受改变的主题。